Hej Björn!
Personligen skulle jag väl börja med att få upp Windows på senaste nivå så att klustret fungerar så långt och därefter ta i tur med att uppdatera Service Pack för SQL 2008 R2.
Det ska ju inte vara lika beroende som tidigare gällande hårdvaran i klustret men kan vara bra att dubbelkolla så Bios och Firmware samt SAN eller disk kopplingen är uppdaterat och supporterat så det inte är några komplikationer.
Därefter själva SQL uppdateringen är lite mera enkel då man kan patcha den passiva klusternoden för att göra klusterflytt och se att allt fungerar innan den nya passiva noden uppdateras.
http://support.microsoft.com/kb/174799
Mvh
Lars